Il borgo ha origine medioevale: rimangono ancora gli stretti vicoli a gradoni e alcune case di pietra calcarea con tetti lignei, ma questi sono solo pochi resti perché San Pietro Infine fu distrutto da quindici giorni di bombardamenti nel 1944. Per il territorio di San Pietro Infine di rilevante influenza furono i monasteri di San Vincenzo al Volturno e di Montecassino. San Pietro Infine fece parte della Terra di San Benedetto e ancor oggi appartiene alla diocesi cassinate. La posizione protetta ha tenuto lontano il centro dagli eventi tumultuosi della Provincia di Terra di Lavoro; al momento dell'Unità d'Italia, la stessa posizione ha favorito la diffusione dei briganti, tra i quali è rimasto famoso Domenico Fuoco.

La Seconda guerra mondiale decimò la popolazione. Durante i bombardamenti molti Sanpietresi si rifugiarono in quelle che vennero chiamate "grotte della valle", alcuni si rifugiarono sul monte Sambucaro. Le immagini di quei tetri momenti sono state ritratte nel documentario San Pietro di John Huston. Sul tratto della Linea Gustav che comprendeva San Pietro Infine e Mignano Monte Lungo per la prima volta i soldati italiani combatterono al fianco degli alleati. Nel 1950 iniziò un piano di ricostruzione che diede ai Sanpietresi superstiti un nuovo centro dove vivere, ma collocato più a valle. Nel 1959 Mario Monicelli vi girò alcune scene del film La grande guerra.