La più antica cattedrale di Napoli fu fatta erigere e venne riccamente dotata dall'imperatore Costantino I (306-337), non si conosce la data precisa ma sicuramente dopo la pace della Chiesa. Sorse sull'area di un tempio forse dedicato ad Apollo.

Dalle fonti si apprende che una seconda cattedrale fu costruita, nell'ambito della stessa area urbana, dal vescovo Stefano I (499-501). Sappiamo che aveva l'abside orientata ad oriente, che fu dedicata al Salvatore, e la data della dedicazione secondo il calendario marmoreo cadeva il primo dicembre; è nota tra gli storici con il nome del fondatore: Stefania. Di questa monumentale basilica si sa poco, e le scarse notizie sono affidate per lo più al Liber pontificalis. Era unita alla Cattedrale costantiniana da un atrio comune quadriportico decorato a mosaico.

Nelle cronache coeve venne magnificata e definita come opera "di meravigliosa bellezza".Era parallela a Santa Restituta, divisa da questa da una strada di epoca tardo imperiale di cui resta ancora qualche traccia, e dal complesso battesimale di San Giovanni in Fonte. Le due cattedrali erano gestite da due cleri distinti ma amministrate da un unico vescovo. 

La sistemazione delle due chiese fa presumere che ci si trovi dinnanzi ad una particolare situazione chiamata a "basiliche doppie", di cui ci restano testimonianze nei complessi episcopali di Treviri e di Aquileia. Secondo il Farioli (1978) alla duplicità delle basiliche avrebbe corrisposto una duplicità di funzioni liturgiche: chiesa per la liturgia festiva la maggiore (Santa Restituta) e chiesa per la liturgia feriale la minore (Stefania). 

Quest'ultima veniva anche definita come domestica ecclesia in quanto annessa alla residenza episcopale. Sappiamo inoltre che l'abside era decorata da un mosaico raffigurante la Trasfigurazione di Gesù sul monte Tabor, voluto dal vescovo Giovanni II (533-555).

A metà del IX secolo il vescovo San Giovanni IV lo Scriba (842-849) collocò nella Stefania i resti mortali dei vescovi suoi predecessori prelevandoli dalla cosiddetta "cripta dei vescovi" delle catacombe di San Gennaro a Capodimonte; le tombe erano ornate da immagini raffiguranti i singoli presuli.